Free!男子游泳部第二季主要讲述了经历了上一次的比赛后，进一步加深感情的遥、真琴、渚、怜在不变的日常生活中，都显示出了各自不断成长的姿态。另一方面，凛战胜过去的自己向自己的梦想前进，并且与新的伙伴一同以最棒的队伍作为目标而努力着。他们各自带着隐藏在内心的想法迎接崭新的夏天……围绕岩鸢与鲛柄、伙伴与游泳以及他们的未来这些要素展开的新故事就这样正式拉开帷幕。